La réponse est: Wine qui permet de faire tourner (pas tous mais) une grande majorité de programmes windows sous linux, de manière transparente, et nativement, sans émulation. Pour ceux qui ne connaissent pas, allez donc visiter le site officiel et souvenez vous que WINE signifie Wine Is Not an Emulator ;)

On commence par l'installer :

sudo aptitude install wine


Une fois installé, on se rend sur le site de utorrent et on télécharge la dernière version du client pour windows
Une fois le fichier utorrent.exe récupéré, on le met dans son repertoire home, ou encore mieux dans le dossier Program Files généré par wine, normalement dans /home/vous/.wine/drive_c/Program\ Files/

Puis pour le lancer facilement, on se fait un nouveau lanceur sur le bureau, dans lequel on indique la commande suivante :

wine "/home/vous/.wine/drive_c/Program Files/utorrent.exe"

A partir de la, on le configure et on l'utilise comme d'habitude. On peut meme utiliser le plugin WebUi.

Enfin, si vous avez un ordi en double boot car certains programmes nécessitent malheureusement windows pour tourner :( , alors je ne saurais trop vous conseiller de paramétrer utorrent de manière à enregistrer les fichiers dans le même dossier.
Ainsi, si par exemple vous êtes sous windows, et que vous mettez en téléchargement la dernière distro linux à la mode, et que vous redémarrer sous linux (ou vice versa) alors, utorrent détectera que vous avez déja commencé à télécharger ce fichier et reprendra la ou vous vous étiez arrêté précédemment :)